Armando Vara afastou-se progressivamente da primeira linha partidária na sequência da polémica em torno da Fundação para a Prevenção e Segurança (FPS), em Dezembro de 2000, quando desempenhava as funções de ministro da Administração Interna no segundo governo de António Guterres.
O caso da FPS - fundação financiada quase exclusivamente com fundos públicos e de legalidade duvidosa - veio a público após Fernando Gomes ter saído do cargo de ministro da Administração Interna, sendo substituído por Armando Vara.
A lista para a Comissão Política Nacional do PS apresenta também dois nomes que estiveram em oposição à linha política do ex- secretário-geral Ferro Rodrigues, casos do ex-ministro e actual presidente da Iberdrola em Portugal, Pina Moura, e do ex-membro na administração provisória do Iraque José Lamego.
Em Julho, José Lamego chegou a anunciar a sua candidatura ao cargo de secretário-geral do PS, mas acabou por desistir a favor de José Sócrates.
Os 65 efectivos da Comissão Política Nacional do PS resultaram de um acordo entre o secretário-geral socialista e o grupo minoritário de Manuel Alegre.
Pelo acordo entre Sócrates e Alegre, este teve direito a nomear 12 elementos para a Comissão Política, número que corresponde à sua representatividade na Comissão Nacional do PS (cerca de 18 cento).
Além do próprio Alegre, a lista apresenta como representantes da tendência minoritária os nomes de Alberto Martins, Ana Catarina Mendes, Marques Júnior, Helena Roseta, João Cravinho, Jorge Lacão, Medeiros Ferreira, Vera Jardim, Manuel Maria Carrilho, Maria de Belém e Osvaldo Castro.
O primeiro suplente indicado pela corrente de Manuel Alegre foi o ex-porta-voz do PS Paulo Pedroso.
Pelo lado de José Sócrates, nenhum dos nomes escolhidos para o Secretariado Nacional do partido integra a Comissão Política.
Na Comissão Política ficaram apoiantes de primeira linha do secretário-geral do PS (mas que não entraram no núcleo duro de direcção), como António Vitorino, Capoulas Santos, Sérgio Sousa Pinto, Jaime Gama e Francisco Assis.
Ao contrário do que aconteceu com a lista de José Sócrates para a Comissão Nacional do PS, a proposta única apresentada para a Comissão Política cumpre a regra estatutária do partido das quotas de género, incluindo um terço de mulheres.
A futura Comissão Política Nacional do PS terá 21 mulheres em 65 efectivos, 18 indicadas por José Sócrates e três pela corrente de Manuel Alegre.